不少人常常把肛瘘和痔疮混为一谈，其实这是两种不同性质的疾病。肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症，它与肛周脓肿有着因果关系，是一种慢性感染性疾病。肛瘘的外口经常、反复的疼痛，破溃流出少量脓性、血性、粘液性分泌物，分泌物刺激皮肤引起的瘙痒。痔疮是肛垫发生病理性肥大和移位的结果，主要症状是排便时出血和脱出，其病因、症状、体征及发病部位等与肛瘘几乎没有相同之处，因此很容易鉴别。如果再结合肛肠科常规检查（包括视诊、指检+肛门镜检查）即可完全鉴别和明确诊断。肛瘘和痔疮的治疗方法也完全不一样。 肛瘘也是肛肠科的常见病之一，但和肛周脓肿一样，肛瘘在民间的“名气”也大不如痔疮，因此也常有肛瘘患者自称是得了痔疮而前来就诊（他们以为肛门不舒服肯定是得了痔疮），而实际上他们患的是肛瘘而不是痔疮。当然，由于痔疮发病率高，所以患肛瘘的同时又有痔疮也是很常见的现象，在手术切开瘘管时，医生也会对其行经方位的痔疮一并切除，至于其它方位的痔疮处理应在遵循痔疮治疗原则的基础上视具体情况选择最合适的治疗方案。